Los iFrames (ventanas incrustadas o marcos flotantes) son muy parecidos a los conjuntos de Marcos. La diferencia radica en que los iFrames sí pueden incluir contenido en el archivo que define las áreas. En el documento en cuestión se inserta el HTML oportuno, y luego se crea un iFrame donde se desee para dar lugar a la definición de los marcos dentro de un código HTML nuevo. Esto quiere decir que se definen de nuevo las etiquetas html, head y body dentro del iFrame.
Presentan básicamente los mismos problemas que los marcos: 1 única URL, 1 único título, y páginas huérfanas. Además existen dudas sobre si los buscadores pueden o no pueden leer el contenido hallado dentro de los iFrames
Lo recomendable es evitar los iFrames en la medida de lo posible, considerando siempre la opción de incluir las iFrames como por ejemplo: tablas creadas en HTML en páginas independientes. De esta forma variarán la URL, el título, no se producirán páginas huérfanas y el contenido podrá ser indexado con total seguridad.
Finalmente, aquí podéis conocer en este post el resto de problemas en la indexabilidad para el SEO.